永禄九年，二月。
也就在织田家与上杉家再度定下婚约之际，三好家内讧的形势又发生了新的变数——担任三好氏一门总领、三好家家督的三好义继再也无法忍受三好三人众长期把持三好家大权，直接趁着三好三人众正与松永久秀交战不备之时，率近臣、小姓、马廻众等在内的五百余人从居城饭盛山城逃往堺町，并从堺町再逃入松永久秀的本据信贵山城中，并对外指责三好三人众是恶逆无道之人，号召三好家重臣、旗下国人领主一同出兵讨伐三好三人众。
三好义继之所以会选择逃离自己的居城，主要原因还是三好三人众掌握着三好家的财政、军事、外交等大权，使得三好义继这个家督如同傀儡一样，一点权力都没有。
而且，三好义继非常惧怕三好三人众再来一次兵谏或是清君侧。故而，为了保住自己的小命，三好义继就冒险逃离了自己的居城，准备前去投奔家中重臣松永久秀。
可是，并不是所有人都愿意追随三好义继，不少人得知三好义继是要前去投奔松永久秀后就在途中不告而别。使得三好义继在抵达信贵山城外后，身边仅剩下十余人。
松永久秀倒是并不介意三好义继带着多少人来投奔自己。因为他想要的就是能与三好三人众抗衡的大义名分，而三好义继就是最好的大义名分。
随后，松永久秀就将信贵山城的本丸腾出来，让三好义继入住，自己则是带着家眷子嗣居住在二之丸中。
获得松永久秀庇护后，三好义继当即恢复了家中重臣松永久秀的名誉，还称赞他是三好家的忠义之臣。
随着三好义继的主动投奔，使得松永久秀迅速获得了一面大义之旗。
同时，失去三好义继的三好三人众也失去了与松永久秀交战以及继续把持三好家大权的大义名分，反而瞬间成了三好家的逆臣。
为了尽快击败松永久秀并抢回家督三好义继，三好三人众只好联合大和的有力国人领主筒井顺庆与三好义继、松永久秀大战于大和奈良的东大寺（华严宗大本山，又称大华严寺、金光明四天王护国寺）一带。
在两军多次发生激战后，原本作为香火旺盛、普度众生的佛教圣地东大寺被毁于战火，佛殿、经藏、法堂等大大小小的设施都遭到了不同程度的毁坏，就连卢舍那佛的头部、左手被烧落，上半身及莲华宝座更是受损严重。
尽管三好三人众联合筒井顺庆与三好义继、松永久秀大战于东大寺一带，但仍然没有就此分出胜负，两军逐步转变为长时间对峙。直至次年足利义荣才被三好三人众、三好长治（阿波三好家家督）、细川真之（阿波守护）、筱原长房（阿波三好家重臣）、筒井顺庆等人正式拥立成为新一任的征夷大将军、武家栋梁。
不过，足利义荣的这个征夷大将军、武家栋梁之位坐得并不安稳。由于其得位不正的原因，导致邻近诸国之中只有割据南近江半国、伊贺一部的六角家以及名义上领有纪伊一国的河内畠山家愿意承认足利义荣这个征夷大将军、武家栋梁，其余如上杉家、朝仓家、浅井家、织田家、毛利家、赤井家、波多野家、山名家等各地大大小小的大名、国人领主都没有承认足利义荣的合法地位。
足利义荣本人倒是并不在意这些，因为他如今已是朝廷认可的征夷大将军，堺公方一脉终于在自己的手中“转正”了。
之后，足利义荣就开始大肆封赏拥护自己的各方势力——观音寺城城主六角义贤担任管领代、近江守护等职；细川真之继承京兆细川家家名，担任管领兼任阿波守护；筒井顺庆担任大和守护；畠山政尚担任纪伊、熊野、志摩三国守护；三好长治担任京兆细川家家宰、和泉守护、阿波守护代；筱原长房担任河内守护代、和泉守护代；游佐信教担任纪伊守护代、大和守护代；安见宗房担任志摩守护代、熊野守护代······
尽管足利义荣一口气将纪伊、熊野、志摩三国的守护职封赏给了畠山政尚，如今畠山政尚连纪伊的国人领主都使唤不动了，更别提在上杉家控制之下的熊野、志摩两国了。
当然，足利义荣还是没有忘记尽最大可能拉拢上杉家——上杉家世子上杉氏虎担任奥州管领、虾夷探题；上杉家家督上杉谦信担任副将军。
然而，上杉谦信并没有接过足利义荣递来的橄榄枝。
因为，原先谦信所担任的熊野、志摩两国守护职被足利义荣褫夺不说，还被其授予给了畠山政尚。这就相当于足利义荣以副将军、奥州管领、虾夷探题的虚职从上杉家手中夺走了原本实任的两国守护职。
不仅如此，足利义荣的这个征夷大将军、武家栋梁之位还是通过不正当手段得来的，谦信根本就不愿承认。更何况，足利义辉还有一个才还俗不久的弟弟足利义秋尚在人世，哪里轮的上堺公方一脉的足利义荣来继任征夷大将军？
就算要挑选新一任征夷大将军、武家栋梁，那也得与“二分之一殿”上杉谦信进行商议才行。因为上杉家手中还有关东公方足利赖纯以及现任关白、藤原长者近卫前久在，若是上杉家趁机拥立足利赖纯为征夷大将军在关东开幕，来个“两将军”并立，恐怕无人能奈何得了上杉家。
如今就连朝廷方面都不敢轻易得罪上杉家——几座皇室御料所可就在上杉家的腹心之地关东。
万一上杉家哪天军费紧张，将这些御料所占为己有，都没有人敢去为朝廷、皇室伸张正义。因为，曾经敢与上杉家叫板的芦名家、武田家、后北条家、大崎家、北畠家等大名的坟头草都几丈高了。
于是，谦信就直接将足利义荣的御教书烧了，还下令将替足利义荣送御教书的使者斩首示众，并对外宣称绝不承认足利义荣征夷大将军、武家栋梁的身份，并传檄天下诸大名——“三好一族大逆不道，屡次以下犯上，如今更是杀害主君义辉公。吾将率控弦带甲之众五十万，进讨凶逆，当共立大功。”
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